Je pense en effet qu'il faut se méfier avec les groupes de blocs, et toujours sauvegarder régulièrement.
D'ailleurs, pour éviter ce genre de soucis (devoir refaire la carte en entier), je conseille de toujours avoir 2 copies de votre carte, la carte finale que vous sauvegardez de temps en temps et une carte de sauvegarde des dernière actions (que vous enregistrez régulièrement en pressant back, idéalement à chaque fois que vous avez posé un bloc/groupe de blocs). Et 2 sauvegardes peuvent servir dans le cas où vous enregistreriez une action non voulu par mégarde, il est alors toujours possible de reprendre la dernière "bonne" sauvegarde.
C'est ce que je faisait sur Halo Reach sur mes maps les plus grandes, c'est un peu contraignant, mais au moins on perd pas des heures de boulot.